Podstawą opodatkowania VAT jest - co do zasady - kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy lub osoby trzeciej (zob. art. 29 ust. 1 ustawy o VAT).

Zasada ta obowiązuje również w przypadku obrotu nieruchomościami. Ustawodawca przewidział jednak przepis szczególny, mający zastosowanie w przypadku opodatkowania VAT obrotu nieruchomościami.

Jak wynika z art. 29 ust. 5 ustawy o VAT, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu (dotyczy to również sprzedaży prawa wieczystego użytkowania gruntu wraz ze znajdującymi się na tym gruncie budynkami i budowlami. Powoduje to, że w przypadku obrotu nieruchomościami zabudowanymi, dochodzi do dostawy budynków lub budowli (obejmujących wartość gruntu), nie zaś do dostaw budynków lub budowli oraz gruntu.

Często się przy tym zdarza, że na sprzedawanym gruncie wybudowany jest więcej niż jeden obiekt budowlany. Jednocześnie z przepisów nie wynika, w jaki sposób w przypadkach takich należy przypisać części wartości gruntu do poszczególnych dostaw budynków lub budowli. Przyjmuje się, że podatnicy mają do wyboru jeden z dwóch sposobów - tzw. "klucz wartościowy" (polegający na przyporządkowaniu wartości gruntu proporcjonalnie do wartości poszczególnych budynków i budowli) oraz "klucz powierzchniowy" (polegający na przyporządkowaniu wartości gruntu proporcjonalnie do powierzchni zajmowanych przez poszczególne obiekty).

Potwierdzają to organy podatkowe w udzielanych wyjaśnieniach, czego przykładem może być interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 17 czerwca 2010r., nr ITPP1/443-318b/10/DM, interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 9 sierpnia 2010r., nr IBPP3/443-357/10/IK, czy interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 21 września 2010 r., nr IPPP3/443-651/10-2/IB. W ostatniej ze wskazanych interpretacji czytamy, że

(...) W związku z tym, iż ani przepisy ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, ani przepisy wykonawcze do tej ustawy nie zawierają zapisu dotyczącego sposobu wyliczenia tych części można przyjąć różne rozwiązania, np. wg klucza wartościowego, tj. proporcjonalnie do wartości sprzedawanych budynków przypisać do nich odpowiednio udział gruntu i zastosować właściwe stawki, lub wg klucza powierzchniowego, tj. podzielić powierzchnię gruntu proporcjonalnie do powierzchni zajmowanych przez poszczególne budynki. Każda metoda czy to oparta na kluczu wartościowym czy też kluczu powierzchniowym, o ile odzwierciedla stan faktyczny jest właściwa.

Zauważyć należy, że przepisu art. 29 ust. 5 ustawy o VAT nie stosuje się do czynności oddania w użytkowanie wieczyste gruntu, dokonywanego z równoczesną dostawą budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli (art. 29 ust. 5a ustawy o VAT). Powoduje to, że jeżeli dostawie budynku, budowli lub ich części towarzyszy ustanowienie prawa wieczystego użytkowania przez jednostkę samorządu terytorialnego (w szczególności przez gminę), dochodzi z punktu widzenia VAT do dwóch odrębnie opodatkowanych dostaw towarów, tj.:

• dostawy budynku, budowli lub ich części (np. lokalu mieszkalnego lub użytkowego), opodatkowanej stawką właściwą dla tego budynku, budowli lub ich części lub zwolnioną od tego podatku, oraz
• oddania gruntu w użytkowanie wieczyste (dostawę towaru - zob. art. 7 ust. 1 pkt 6 ustawy o VAT) opodatkowanego stawką podstawową 23% (zwolnione od podatku są, bowiem jedynie dostawy terenów niezabudowanych oraz oddawanie w wieczyste użytkowanie nieruchomości gruntowych przeznaczonych na cele rolnicze - zob. art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT oraz § 13 ust. 1 pkt 17 rozporządzenia wykonawczego).

Powoduje to, że obniżona stawka podatku lub zwolnienie od podatku, którymi objęte są dostawy budynków budowli lub lokali, nie obejmują w takich przypadkach czynności oddania gruntu w użytkowanie wieczyste. Wniosek ten potwierdzają organy podatkowe w udzielanych wyjaśnieniach (przykładowo Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji z 18 sierpnia 2010 ., nr IBPP3/443-348/10/IK).